Andere rechtvaardiging
:
AZ Delta wenst een tweedehands Roche Digital Lightcycler platform aan te kopen bij Roche Diagnostics Belgium. Roche Digital Lightcycler is het enige dPCR platform die een input volume van minimaal 40 µL voor som van sample volume, mastermix- en primervolumes combineert met een minimum van 6 kanalen, een koppelbaarheid met LIS (GLIMS, Clinisy) en CE-IVD conform is. Het dPCR-platform zal worden ingezet voor klinische toepassingen waarbij een uitzonderlijk hoge analytische gevoeligheid vereist is, met name voor prenatale genotypering van het foetaal RHD-gen op circulerend celvrij DNA (cfDNA) en voor de detectie van minimal residual disease (MRD) op basis van circulerend tumor DNA (ctDNA). In beide gevallen is de hoeveelheid beschikbaar doel-DNA beperkt, wat de detectiekans rechtstreeks afhankelijk maakt van het totale inputvolume in de PCR-reactie. Voor de RHD-test, uitgevoerd op residueel plasma in de 12de zwangerschapsweek, toont validatie aan dat minstens 3,5 ng cfDNA nodig is in de reactie om de beoogde klinische gevoeligheid (99,9%) te bereiken. Gezien de lage cfDNA-concentratie in het eluaat, is hiervoor een totaal reactionvolume van minimaal 45 µL noodzakelijk. Ook voor MRD-detectie, waar geen vaste detectielimieten gelden, geldt dat hoe groter het inputvolume, hoe groter de kans op detectie van zeldzame mutaties (bv. 1 mutant allel per mL of VAF 0,05–0,1%). Een minimumvereiste van 40 µL totaal inputvolume is dus essentieel voor klinische betrouwbaarheid en reproduceerbare implementatie van deze assays. Enkel systemen die dit volume aankunnen, komen in aanmerking. Voor de beoogde klinische toepassingen van het digitaal PCR-platform is multiplexdetectie essentieel, waarbij meerdere DNA- of RNA-targets gelijktijdig geanalyseerd worden in één reactie. Dit geldt zowel voor prenatale RHD-genotypering als voor kankerbewaking via MRD-detectie. Bij de RHD-test zijn minstens zes afzonderlijke targets vereist: drie RHD-exons, een geslachtsgebonden foetale fractiecontrole (SRY), een universele cfDNA-controle (ALB) en daarnaast wil het lab een bijkomende foetale fractie controle ontwikkelen in een extra kanaal die universeel bruikbaar is voor meting van de foetale fractie, dus ook bij vrouwelijke foetussen. Voor de RHD multiplex zijn dus minimaal 6 detectie kanalen noodzakelijk. Voor MRD-detectie, bijvoorbeeld bij EGFR- of ESR1-mutaties, moeten meerdere mutaties gelijktijdig opgespoord worden binnen één assay. Aangezien geen enkel systeem meer dan zes kanalen biedt, is zes het absolute minimum om deze multiplex assays betrouwbaar te kunnen uitvoeren. Hoe hoger het aantal kanalen, hoe groter de flexibiliteit en specificiteit. Enkel systemen met minstens zes kanalen komen hierdoor in aanmerking voor klinische inzet. Voor een veilige en efficiënte klinische workflow is een directe koppeling tussen het digitaal PCR-platform en het LIMS-systeem (GLIMS, Clinisys) noodzakelijk. Automatische data-overdracht van alle detectiekanalen voorkomt manuele fouten, bespaart tijd en verhoogt de traceerbaarheid van resultaten. Enkel het Roche-platform beschikt over een gevalideerde en volledig geïntegreerde LIMS-koppeling, wat het uniek geschikt maakt voor inzet binnen onze klinische omgeving. Daarnaast verkiest het laboratorium, in het licht van de Europese CE-IVDR regelgeving, maximaal in te zetten op CE-IVD-gecertificeerde apparatuur. Dit beperkt bijkomende validatielast en verhoogt de juridische en kwaliteitszekerheid van de klinische diagnostiek. Momenteel is het Roche-platform het enige dat aan deze CE-IVD vereisten voldoet. Bij eerdere validatiestudies werd een systematische bias vastgesteld in de kwantificering van mutant allelen bij gebruik van droplet-based digital PCR, in vergelijking met moleculaire counting via deep sequencing. Deze bias, vooral zichtbaar bij hogere DNA-concentraties, wordt toegeschreven aan variabiliteit in dropletvolumes en oncontroleerbare afwijkingen in de software-gebaseerde volume-inschatting. Solid phase partitioning, zoals toegepast door Roche, vermijdt deze onzekerheid door stabielere en reproduceerbare partitievolumes, wat leidt tot nauwkeurigere kwantificering. Daarom geniet solid phase partitioning de voorkeur als bijkomend kwaliteitscriterium.